De minst zichtbare, maar wel de belangrijkste laag in het voedselbos. Schimmels, bacteriën en andere micro-organismen zorgen ervoor dat planten en bomen voedingsstoffen uit de bodem op kunnen nemen. Bomen en meerjarige planten hebben een voorkeur voor een schimmeldominante bodem. Om dit te bevorderen worden onder andere houtsnippers gebruikt als beschermlaag rond de bomen en struiken. Het laten liggen van dode planten (afgemaaid of gewied) helpt ook mee om het bodemleven te stimuleren.
De schimmellaag is de basis van de ecologische voedselketen in het voedselbos. De schimmels en micro-organismen trekken andere bodemdiertjes aan. Afgestorven organisch materiaal doet hetzelfde. Hoe meer bodemleven, hoe gezonder de bodem is en hoe gezonder de planten en bomen die er groeien worden.
Paddenstoelen zijn de bekendste schimmels. Het zijn eigenlijk de bloeiwijzen van de schimmels die in de bodem of dood hout leven. In voedselbossen worden paddenstoelen vaak op boomstammetjes gekweekt.